Im April beginnt die S-Bahn Berlin mit der Umstellung ihres Abfertigungsverfahrens für die rot-gelben Züge. Auf der Hälfte der 166 S-Bahn-Stationen wird künftig der Lokführer mit Hilfe der von den Bahnsteigkameras auf einen Führerstandsmonitor übertragenen Bildern den Fahrgastwechsel beobachten und den Zug für die sichere Abfahrt vorbereiten. Die Umsetzung des Projektes dauert bis Ende 2015 und kostet etwa 40 Millionen Euro. Die S-Bahn Berlin passt sich damit den bundesweit üblichen Standards an.

Der Zürcher Verkehrsverbund (ZVV) bewertete 2013 erneut die Leistungen der Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) im Zürcher S-Bahn-Netz. Beurteilt werden die Pünktlichkeit, die Information im Störungsfall, die Sauberkeit und die allgemeine Kundenzufriedenheit. Die Zielvorgabe im Bereich der Pünktlichkeit wurde 2013 deutlich verfehlt. Insgesamt resultiert der bisher höchste Malus von 1.8 Millionen Franken.

Die Fahrgäste der Regio-S-Bahn Basel sollen auch in Zukunft auf hohe Qualität im öffentlichen Verkehr zählen können. Mit diesem Ziel haben die Kantone Basel-Landschaft, Basel-Stadt, Aargau, Jura und Solothurn sowie in unterstützender Funktion das Bundesamt für Verkehr mit der SBB ein Bonus/Malus-System erarbeitet. Dieses wird auf Jahresbeginn 2014 eingeführt und bewertet die Kundenzufriedenheit, Pünktlichkeit, Zugausfälle sowie die Sauberkeit im Zug und am Bahnhof.

Die Betriebsqualität auf der Hochrheinstrecke zwischen Basel und Singen war nach der Wiedereröffnung der Strecke am 5. Oktober 2013 unbefriedigend sowohl für die Deutsche Bahn AG als auch für die Fahrgäste.