Die Unternehmensgeschichte von MeinFernbus FlixBus beginnt im Jahr 2011. In München gründen Jochen Engert, André Schwämmlein und Daniel Krauss die FlixBus GmbH. Unter der Leitung von Torben Greve und Panya Putsathit entsteht unabhängig davon in Berlin die MFB MeinFernbus GmbH. Beide Start-Ups haben das Ziel, eine günstige, bequeme und nachhaltige Alternative im Fernverkehr zu schaffen.

MeinFernbus eröffnet seine erste Linie bereits im April 2012, der erste FlixBus geht kurz nach der Liberalisierung des deutschen Fernbusverkehrs zum Jahresbeginn 2013 auf Premierenfahrt. Innerhalb kürzester Zeit gelingt es beiden Unternehmen, sich als „Erfolgsmodelle made in Germany" und führende Anbieter auf dem deutschen Fernbusmarkt zu etablieren. So sicherte sich MeinFernbus bereits kurz nach dem Fall des Bahnmonopols die Marktführerschaft, FlixBus wurde von der Stiftung Warentest zum Testsieger unter den Fernbusanbietern in Deutschland gekürt. Im Januar 2015 folgt dann der Zusammenschluss zu MeinFernbus FlixBus.

Sowohl MeinFernbus als auch FlixBus setzen von Anfang an auf eine enge Partnerschaft mit renommierten mittelständischen Busunternehmern: Unter einem starken Markendach übernehmen regionale Buspartner, zumeist Familienbetriebe, den operativen Linienbetrieb und stellen eine moderne Flotte von Komfortbussen mit einheitlich hohen Qualitäts- und Sicherheitsstandards. Das MeinFernbus FlixBus-Team verantwortet in Berlin und München unter anderem Netzplanung, Kundenservice, Marketing, Ticketing, Preisgestaltung und Vertrieb.

Großen Wert legt MeinFernbus FlixBus außerdem auf das Thema Nachhaltigkeit. Der Fernbus ist an sich bereits ein äußerst umweltfreundliches Verkehrsmittel. Bei MeinFernbus FlixBus haben die Fahrgäste außerdem die Möglichkeit, die durch ihre Fahrt entstehenden CO2-Emissionen vollständig zu kompensieren.