Die SBB hat nach dem Unfall in Rafz vom 20. Februar umfangreiche Untersuchungen eingeleitet. Nach ersten Erkenntnissen ist die Streifkollision auf das Überfahren des Halt zeigenden Signals durch die S-Bahn zurückzuführen. Der genaue Unfallhergang wird noch untersucht. Sicherheit hat als zentrales Konzernziel oberste Priorität. Als Vorsichtsmassnahme führt die SBB die Reduktion der Geschwindigkeit nach Wendungen bis zum ersten Signal ein.

Am 19.02.2015 um 6.43 Uhr stiessen in Rafz eine S-Bahn und ein Interregio-Zug auf der Ausfahrweiche Richtung Schaffhausen seitlich zusammen. Dabei wurden fünf Personen verletzt, eine davon schwer, eine mittelschwer und drei leicht. Die Linie Zürich–Schaffhausen bleibt mindestens bis heute Betriebsschluss zwischen Hüntwangen-Wil und Jestetten unterbrochen.